1、概念的区别
“中外合作大学”是指整所大学由中外双方共同办学的一个机构。
而“中外合作办学项目”一般则指在中国大学中就某一专业进行的中外合作教学项目。例如清华大学与澳大利亚麦考瑞大学合作举办的应用金融硕士学位教育项目。
2、数量的区别
教育部公布批准招生的中外合作办学项目有数百个。
而实际上国内具有独立法人资格的机构即中外合作大学，不是很多。
3、质量的区别
虽然教育部有着严格的审核制度，但仍有部分中外合作办学项目把关不严的问题。
知名高校的中外合作办学项目尚且有一定的质量保障，然而仍有许多国内院校和培训公司为了自身的经济利益都和国外一些三流甚至不正规的大学开展合作办学，严重影响了合作办学的整体教学质量和声誉。
部分号称拥有“中外合作办学”专业的大学，实际上只是不惜工本为自己的学校争取冠以“中华”、“国际学校”的称谓，或者与某某名校挂上钩，希望以响亮的名称吸引更多学生注意，而教学质量并不能保证，甚至没有聘请一名外籍教师，也没有引进一本国外教材，这样的学校所颁发的学位证书自然无法确保在国际上得到认可，反而收取大量学费，名不符实。
