1、管理范围不同
学部一般处于学校和学院之间的管理层级，负责统筹规划和协调本学部内各学院的学科建设、教学科研等工作，在学校管理中起到承上启下的作用。例如，有的大学设置理学部，包含数学学院、物理学院、化学学院等多个学院。
学院通常下设若干个系，同时拥有自己的师资队伍、教学设施以及学生管理机构等，能独立开展教学、科研、人才培养等工作。例如，经济学院、管理学院等。
系是学院内部的基层教学单位，专注于某一特定学科或专业方向的教学和研究工作。系的规模相对较小，主要负责具体的专业课程设置、教学实施、学生专业培养等工作，是直接面向学生进行专业教育的单位。比如，经济学院中的经济学系、会计学系等。
2、学科设置不同
学部一般包含多个不同但相关的学科门类，学科综合性强，旨在促进学科交叉与融合，推动跨学科研究和人才培养。例如，医学部可能涵盖基础医学、临床医学、药学、公共卫生与预防医学等多个学科。
学院一般围绕一个或几个密切相关的学科设置专业，学科相对集中和聚焦。如管理学院，通常会有工商管理、公共管理、管理科学与工程等相关学科专业。
系一般学科设置更为单一，往往是针对某一具体学科专业进行细分。以外语学院为例，可能会设有英语系、日语系、法语系等，每个系专注于相应语言的教学与研究。
