昆山杜克大学本科学士学位项目目前已设立了14个中国教育部批准的专业，更多专业正在筹划中。根据课程设置，学生将在大二年级选定专业方向。
目前设立的专业如下：
- 材料科学与工程（材料科学与物理学）
- 数学与应用数学（应用数学和计算科学）
- 生物科学（分子生物科学）
- 化学（化学和环境科学）
- 全球健康学（生物学和公共政策）
- 环境科学（环境科学和公共政策）
- 国际事务与国际关系（机构和治理）
- 历史学（全球化中国研究）
- 数据科学与大数据技术
- 经济学（国际政治经济学）
- 数字媒体艺术（媒体与艺术）
- 英语（全球文化研究）
- 心理学（行为科学）
- 计算机科学与技术（计算与设计）
